De acordo com relatos sertanistas, a região sul-mineira ficou conhecida pelos europeus a partir de 1601. Até então, a região era habitada pelos índios puris. A conquista europeia de Baependi aconteceu, no entanto, em fins do século XVII, por volta de 1692, quando os paulistas Antonio Delgado da Veiga, seu filho João da Veiga e o tio de Miguel Garcia Velho, o capitão Manoel Garcia Velho, partiram de Taubaté, em São Paulo, em busca de ouro. Transpondo a Serra da Mantiqueira, alcançaram um sítio que chamaram Maependi.
Cidade remanescente do chamado Ciclo do Ouro em Minas Gerais, Baependi se desenvolveu ao longo do caminho da Estrada Real - a primeira grande via de comunicação regular no Brasil -, que ligava a região das minas a Paraty, no Rio de Janeiro, porto de onde saía o ouro em direção à Europa.
O madeirense Tomé Rodrigues Nogueira do Ó (1715), capitão-mor e provedor dos quintos do Registro da Mantiqueira, foi um dos primeiros moradores do local. Foi considerado o fundador da cidade, por ter erguido as suas primeiras construções. A mineração foi, paulatinamente, substituída pela agricultura e pela criação de gado. Destacou-se a grande lavoura do tabaco, que fez de Baependi o centro produtor da Província de Minas Gerais e que representou importante fonte de riqueza até meados do século XIX.
Atualmente, a economia do município é baseada na agricultura, no comércio, no artesanato, na comercialização de pedras de quartzito e no turismo, já que a beleza natural é o forte da cidade, cercada de montanhas, matas, rios e inúmeras cachoeiras. O artesanato é uma importante atividade econômica em Baependi. As peças feitas em bambu, palha de milho e tronco de cafeeiro são distribuídas em grandes centros urbanos, como São Paulo, Rio de Janeiro, Belo Horizonte e capitais da Região Nordeste do Brasil.
Baependi está estrategicamente posicionada de forma equidistante de três importantes capitais brasileiras: Belo Horizonte, São Paulo e Rio de Janeiro.
É uma cidade histórica próxima das estâncias hidrominerais de Caxambu e São Lourenço.
A cidade foi escolhida por Nhá Chica para viver sua santidade. Em Baependi, Francisca de Paula de Jesus, Nhá Chica, ergueu uma igreja dedicada à Imaculada Conceição onde hoje se encontram seus restos mortais.
